Загальна площа водного дзеркала парку складає майже 2550 га. Це природні і штучні водойми, які відіграють важливу роль у підтриманні біологічного різноманіття гідрофільних видів птахів, риб, ракоподібних та інших класів тварин, а також, гідрофільної флори. Деякі природні водойми мають важливе рекреаційне значення.

На водоймах парку під охороною знаходяться представники Червоної книги України:
– з вищих судинних рослини: водяний горіх плаваючий, плавун щитолистий, сальвінія плаваюча;
– з ссавців: видра річкова, норка європейська;
– з птахів: чернь білоока, гоголь, крех середній, скопа, кульон великий;
– з риб: стерлядь, вирезуб, харіус європейський, чоп великий;
– з безхребетних: п’явка медична, широкопалий рак.

– річки:

Дністер

Основна водна артерія в Галицькому НПП. Дністер протікає по широкій долині. Правий берег високий і крутий, лівий – пологий. Заплава ріки широка, зайнята луками, є заболочені стариці. Ширина русла біля Галича – 60-80 м. Русло звивисте, місцями прямолінійне. Глибина ріки коливається в межах 2-4 м; швидкість течії в середньому 0,6 м/с. Найбільшою водністю ріка характеризується у весняний період, коли тануть сніги та випадає значна кількість опадів.

Праві допливи: Лімниця, Луква з допливою Луквицею.

Ліві допливи: Гнила Липа з допливою Нараївка й до неї – Студений Потік, Бибелка, Горожанка.

Ріка наділена значним рекреаційним потенціалом. Наявність природних (мальовничі лісові урочища, водопади, скелі, джерела, печери) та історико-культурних (замки, храми, палаци, ін.) об’єктів, що розташовані на її берегах, роблять мандрівки на плавзасобах цікавими та пізнавальними. Дністер є також привабливою водоймою для любителів риболовлі та орнітологічного туризму.

Ділянка ріки в межах парку включена до водно-болотних Рамсарських угідь міжнародного значення як водойма, що має важливе значення для збереження кількісного багатства птахів. На Дністрі щороку перезимовує до 2 тис особин гоголя, 15–20 ос. креха середнього, 1–2 білоокої черні. На островах функціонують одні з найбільших на заході України колонії річкових і малих крячків. Тут під охороною знаходяться видра річкова, стерлядь, чоп великий та вирезуб.

Лімниця

За довжиною – це найбільша річка (122 км) з карпатських правих допливів Дністра після Стрия. Русло річки прямолінійне і тільки на окремих відтинках звивисте. Ріка добре прогрівається влітку (+18,0ºС і вище). Лімниця вважається однією із найчистіших річок Європи. Вона цінна в естетичному та рекреаційному відношенні. Мальовничі береги, із затишними місцями для відпочинку, та плеса приваблюють відпочиваючих різного віку. Швидкість течії (6,0 м/с), глибина русла 1,0-2,5 м, наявність невеликих перекатів робить сплави доступними та цікавими. Ця гірська ріка має сприятливі умови для життя харіуса європейського та видри річкової і є важливою водоймою де знаходять поживу чорні лелеки.

Луква

Луква – права доплива Дністра. Довжина у межах Парку – 18 км, основна її притока – Луквиця має довжину 9 км і впадає в Лукву на сьомому кілометрі від її гирла. Луква має трапецієподібну долину. Остання представлена крутими бортами, які порізані ярами й покриті чагарниками та лісом. вона глибока але вузька. Луква вирізняється спокійною течією (як для гірської ріки), але паводки на ній трапляються часто, особливо весною і влітку.

Гнила Липа

Ліва рівнинна доплива р. Дністер, що тече в південному, а потім у південно-східному напрямку і впадає в Дністер нижче м Галич. Основна її доплива – р. Нараївка у яку впадає Студений Потік. Довжина ріки у межах Парку  – 28 км. Річка відіграє важливу роль для репродукції видри річкової. Є постійним місцем зимівлі водяної курочки, рибалочки, малого норця.

Стариця Дністра «Королівка»

Займає площу 2,0 га. Розташована на околиці Галича. Водойма утворилася у результаті горизонтальної деформації русла Дністра. У стариці ростуть рідкісні рослини – сальвінія плаваюча, латаття сніжно-біле, глечики жовті, водяна сосонка ланцетолиста та ін. Місце відтворення цінних видів риб – щуки, коропа, окуня, лина та ін.

Стариця Дністра «Водники»

Стариця входить до складу урочища «Водники». Розташована біля с. Водники та займає площу 62,3 га. Стариця оточена заростями прибережно-водної рослинності шириною від 5 до 20 метрів. Тут місцезростання рідкісних рослин сальвінії плаваючої, латаття сніжно-білого, глечиків жовтих. Стариця є місцем гніздування: лебедя-шипуна, пастушка, погонича, водяної курочки та інших водолюбних птахів. Ще донедавна тут була колонія крячків чорних і кваків.

Бурштинське водосховище

Довжина 6,5 км, ширина до 3,5 км, з площею водного дзеркала близько 1300 га. Пересічна глибина водосховища 4 м, максимальна – 10 м. Північний та західний береги пологі, східні – круті, тут поширені абразійні процеси. Іноді, впродовж січні-лютого водосховище може частково замерзати біля греблі, лід скресає у березні.

Бурштинське водосховище – важлива водойма для збереження видового і кількісного багатства птахів під час міграції та зимівлі. Наділене статусом водно-болотних Рамсарських угідь міжнародного значення. Тут перезимовує до 3,5 тис. (43 види), а під час міграції скупчується до 20 тис. (85 видів) птахів.

Тут зустрічаються як типові (41 види), так й прилітні зимуючі (35 види) птахи. З них 28 видів зустрічаються тільки на цій водоймі. За останні 20 років на водосховищі зареєстровано 13 «червонокнижних» видів птахів.

Водосховище відіграє важливу роль для зимівлі гоголя (ЧКУ, БЕ, БО) – щороку обліковують до 1500 особин, крехів середнього (ЧКУ, БЕ, БО) – до 15, великого (БЕ, БО) – до 200, та малого (БЕ, БО) – до 120 особин. У період міграцій водосховищу надає перевагу 11 (9%) видів, тисячні зграї свища, крижня, попелюха тут поновлюють енергетичні запаси. Час-від-часу тут з’являються гагара чорношия, чернь морська, турпан, морянка, мартин чорнокрилий та інші рідкісні для Заходу України види. З рідкісних ссавців тут виявили видру річкову, а рослин – водяний горіх плаваючий.

Водосховище – це важливий об’єкт для перспективного водного туризму (плавання на човнах) так і утилітарного (спортивної та любительської риболовлі).

Озера

Атрактивними та унікальними у межах Парку є лісові карстові озера Сімлин і Ворониця, які мають значне природоохоронне, наукове і рекреаційне значення. Озера розташовані в лісових масивах. Одне з найбільших є озеро Сімлин, що на околиці с. Медуха Галицького лісництва. Морфометрія озера: довжина – близько 200 м і ширина – 120 м. Найглибша частина водойми у його центральній частині і становить 510 см. Абсолютна висота дзеркала води – 300 м. Озеро карстового походження, сформувалося у сульфатних відкладах середнього бадену (неоген).