Загальна площа водного дзеркала парку складає майже 2550 га. Це природні і штучні водойми, які відіграють важливу роль у підтриманні біологічного різноманіття гідрофільних видів птахів, риб, ракоподібних та інших класів тварин, а також, гідрофільної флори. Деякі природні водойми мають важливе рекреаційне значення.

На водоймах парку під охороною знаходяться представники Червоної книги України:
– з вищих судинних рослини: водяний горіх плаваючий, плавун щитолистий, сальвінія плаваюча;
– з ссавців: видра річкова, норка європейська;
– з птахів: чернь білоока, гоголь, крех середній, скопа, кульон великий;
– з риб: стерлядь, вирезуб, харіус європейський, чоп великий;
– з безхребетних: п’явка медична, широкопалий рак.  
– річки:

Дністер

Ділянка ріки в межах парку включена в Європейського кадастру ІВА-територій, як водойма, що має важливе значення для збереження кількісного багатства птахів. На Дністрі щороку перезимовує до 2 тис особин гоголя, 15–20 ос. креха середнього, 1–2 білоокої черні. На островах функціонують одні з найбільших на заході України колонії річкових і малих крячків. Тут під охороною знаходяться видра річкова, стерлядь, чоп великий та вирезуб. Ріка наділена високим рекреаційним потенціалом. Помірна швидкість течії, безліч природних (мальовничі лісові урочища, водопади, скелі, джерела, печери) та історико-культурних (замки, храми, палаци, ін.) об’єктів, що розташовані по берегах, роблять мандрівки на плавзасобах по цій річці надзвичайно захопливими і безпечними для туристів різних вікових категорій. Дністер є привабливою водоймою для любителів риболовлі.

Лімниця

Гірська ріка, що має сприятливі умови для життя харіуса європейського та видри річкової і є важливою водоймою де знаходять поживу чорні лелеки. Русло річки звивисте. Долина ріки Лімниця цінна в естетичному та рекреаційному відношенні, вважається однією із найчистіших річок Європи. Чиста вода, яка добре прогрівається влітку, мальовничі береги, із затишними місцями для відпочинку та зручні пляжі приваблюють відпочиваючих різного віку, а швидка течія з невеликими перекатами приваблює любителів цікавих і насичених водних мандрівок.

Гнила Липа 

Ріка, яка відіграє важливу роль для репродукції видри річкової. Є постійним місцем зимівлі водяної курочки, рибалочки, малого норця.

Стариці річок Дністра та Лімниці 

Королівка

Стариця р. Дністер „Королівка” займає площу 2,0 га. Розташована в межах міста Галича. Водойма утворилася в результаті зміни русла Дністра. У стариці ростуть рідкісні рослини – сальвінія плаваюча, латаття сніжно-біле, глечики жовті, водяна сосонка ланцетолиста та ін. Місце відтворення цінних видів риб – щуки, коропа, окуня, лина та ін.

Водники 

Урочище “Водники” оголошене заповідною ділянкою в 1984 році. Розташоване біля с. Водники та займає площу 62,3 га. Представляє собою старицю Дністра, оточену заростями прибережно-водної рослинності шириною від 5 до 20 метрів. Місцезростання рідкісних рослин сальвінії плаваючої, латаття сніжно-білого, глечиків жовтих. Стариця є місцем гніздування: лебедя-шипуна, пастушка, погонича, водяної курочки та інших водолюбних птахів. Ще донедавна тут була колонія крячків чорних і кваків.

Риборозплідні ставки

Входять до Європейського кадастру ІВА-територій, як водойми важливі для збереження видового багатства птахів. Риборозплідні ставки мають важливе значення, як для гніздової орнітофауни – 69 видів виявлені тут на гніздуванні (з них 19 гніздяться тільки на цих водоймах), так і для птахів у період міграцій – навесні виявлено 86, восени – 104. Їм надають перевагу у гніздово-міграційні періоди 30 видів. Щороку на ставках гніздиться 2–3 пари черні білоокої (МСОП, ЧКУ, БЕ, БО), і 58 видів, що охороняються БЕ та – 27 БО. На ставках функціонують одні з найбільших на заході країни колонії сірощокої та чорношийої пірникоз, рудої чаплі, малої та великої чепур, кваків, бугайчиків, білощоких крячків. Тільки на ставках під час міграцій регулярно зустрічається скопа і у великій кількості (до 20 особин) чорний лелека. Місцезростання рідкісних рослин водяного горіха плаваючого, плавуна щитолистого.

Бурштинське водосховище 

Входять до Європейського кадастру ІВА-територій, як водойма важлива для збереження кількісного багатства птахів. Водосховище взимку позбавлене криги, береги водойми порослі верболозами і плодоносними рослинами що сприяє скупченню тут не тільки типових (41 вид), а й випадково зимуючих (35 видів) птахів. 28 видів, у цей період, зустрічаються тільки на цій водоймі. Водосховище відіграє важливу роль для зимівлі гоголя (ЧКУ, БЕ, БО) – щороку обліковують до 1500 особин, крехів середнього (ЧКУ, БЕ, БО) – до 15, великого (БЕ, БО) – до 200, та малого (БЕ, БО) – до 120 особин. У період міграцій водосховищу надає перевагу 11 (9%) видів, тисячні зграї свища, крижня, попелюха тут поновлюють енергетичні запаси. Час-від-часу тут з’являються гагара чорношия, чернь морська, турпан, морянка, мартин чорнокрилий та інші рідкісні для заходу України види. З рідкісних ссавців тут виявили видру річкову, а рослин – водяний горіх плаваючий.

Озера 

Казково привабливими є лісові карстові озера Сімлин і Ворониця, які мають велике природоохоронне, наукове і рекреаційне значення. З озерами пов’язано безліч цікавих легенд і нерозгаданих таємниць. Особливо цінують ці місця ті, хто віддає перевагу відпочинку у затишних урочищах, далеко від цивілізації.